У 2003 годзе ў арганізацыі была створана, уведзена і сертыфікавана сістэма менеджменту якасці (СМЯ), адпавядаючая патрабаванням стандартаў ISO 9001: 2001 (СТБ ІСО 9001: 2001), i атрыманы сертыфікат у воргане па сертыфікацыі менеджменту НВРУП «БелДІСС» (Рэспубліка Беларусь).
Асноўнай задачай СМЯ ААТ «АГАТ-СІСТЭМ» з'яўляецца аб'яднанне намаганняў усіх супрацоўнікаў для распрацоўкі, вытворчасці і рэалізацыі высакаякасных, канкурэнтаздольных камп'ютэрных сістэм, праграмнага забеспячэння, комплексаў сродкаў сувязі і перадачы даных, лічбавых сродкаў сувязі і тэлекамунікацыі, радыё і тэлевiзiйнага транслявання максімальна задавальняюць патрабаванням спажыўцоў.
СМЯ ААТ «АГАТ-СІСТЭМ» бесперапынна ўдасканальваецца і паляпшаецца, што пацвярджаецца павелiчэннем якасных паказчыкаў з улікам зъяўлення новых патрэбаў, а таксама своечасовым папярэджаннем магчымых рызык.
У верасні 2018 года пацверджана адпаведнасць СМЯ ў дачыненні да распрацоўкі, вытворчасці, абслугоўванні камп'ютэрных сістэм, праграмнага забеспячэння, комплексаў сродкаў сувязі і перадачы даных, лічбавых сродкаў сувязі і тэлекамунікацый, радыё і тэлевiзiйнага транслявання, а таксама аказання паслуг па тэхнічнай і крыптаграфічнай ахове інфармацыі адпаведна патрабаванням версіі СТБ ISO 9001-2015.
Таварыства бесперапынна працуе над падтрыманнем функцыянавання СМЯ ў працоўным (актуальным) стане i планаваннем работы па ўдасканаленні СМЯ.